Theo nhận định của người Mỹ, theo Hiệp định Genève, 190.000 quân của Quân đội viễn chinh Pháp, và 900.000 thường dân (75% là người Thiên chúa giáo và số lượng còn lại thường là người thân của các binh sỹ Pháp hoặc Quốc gia Việt Nam) cùng quân đội Quốc gia Việt Nam di chuyển từ miền Bắc Việt Nam để vào miền Nam Việt Nam; bộ đội Việt Minh và các cộng sự kháng chiến, con em của quê hương họ... tổng số trên 140.000 người được tập kết ra bắc. Tuy nhiên, tập kết về chính trị không bắt buộc nên Việt Minh tiếp tục duy trì lực lượng chính trị của mình tại miền miền Nam. Với chính quyền Ngô Đình Diệm, việc một số lượng lớn người vào Nam là một thành công lớn, coi như bằng chứng phản kháng chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, bằng chứng thuyết phục được người Mỹ, thứ hai lực lượng này sẽ hỗ trợ cho chính quyền của ông. Trên thực tế, CIA và chính quyền Ngô Đình Diệm đã lợi dụng niềm tin tôn giáo và gieo rắc nỗi sợ hãi để tăng số người vào Nam.[5] Sau đó những người di cư nhận được viện trợ của Mỹ còn cao hơn dân địa phương (100 USD, cao hơn thu nhập bình quân hàng năm của người miền Nam).

Hiệp định Genève dẫn đến Việt Nam tạm thời bị phân chia thành hai vùng tập kết quân sự. Phía Bắc vỹ tuyến 17 là nơi tập kết của Quân đội Nhân dân Việt Nam còn phía Nam vỹ tuyến 17 là nơi tập kết của Quân đội Pháp cùng quân đội Quốc gia Việt Nam (lúc này Quân đội Quốc gia Việt Nam vẫn nằm dưới sự chỉ huy của Pháp). Tại miền Nam, với sự hậu thuẫn của người Mỹ, Thủ tướng Ngô Đình Diệm của chính phủ Quốc gia Việt Nam đã gian lận trong cuộc trưng cầu dân ý để phế truất Quốc trưởng Bảo Đại, thành lập chính thể Việt Nam Cộng hòa.[6]

Theo nhận định của Mỹ, Ngô Đình Diệm trong một thời gian ngắn đã làm được nhiều hơn mong đợi, lên nắm quyền trong vòng 10 tháng vượt qua các cuộc đảo chính, ổn định tình hình, thành lập một nhà nước vào năm 1955 được 36 quốc gia công nhận, soạn thảo một hiến pháp mới, và mở rộng kiểm soát Chính phủ Việt Nam Cộng hòa tới các khu vực được Việt Minh kiểm soát trong suốt Chiến tranh Đông Dương... Theo ước tính của Pháp, vào năm 1954, Việt Minh kiểm soát 60% - 90% nông thôn miền Nam Việt Nam.

Tháng 1-1955, Ngô Đình Diệm tuyên bố tẩy chay bầu cử Hiệp định Genève, với lý do ông đưa ra là không thể có bầu cử tự do tại miền Bắc được cai trị bởi "nhà nước cảnh sát". Ông không loại trừ khả năng thống nhất đất nước trong hòa bình và dân chủ với điều kiện bầu cử không có sự cưỡng ép hay đe dọa cử tri.[7]

Việt Nam Dân chủ Cộng hoà nhiều lần đã cố gắng đề nghị Chính phủ Việt Nam Cộng hoà trong tháng 7 năm 1955, tháng 5 và tháng 6 năm 1956, 1958, tháng 7 năm 1959, và tháng 7 năm 1960, đề xuất tham vấn đàm phán "các cuộc bầu cử tự do chung bằng cách bỏ phiếu kín" và tự do hóa quan hệ Bắc-Nam nói chung. Chính phủ Việt Nam Cộng hoà hoặc từ chối, hoặc im lặng.[8]

Chính phủ Mỹ cũng cho rằng so với thời những nguồn tin khác nhau chỉ ra cho Tổng thống Mỹ Eisenhower thấy 80% dân chúng sẽ bỏ phiếu cho Hồ Chí Minh thì sự chênh lệch này sẽ được rút ngắn lại do ông Ngô Đình Diệm đã đạt được một số thành công, trong khi Miền Bắc đang gặp nhiều khó khăn do khan hiếm lương thực và mất uy tín sau cải cách ruộng đất được tướng Giáp thừa nhận (dẫn đến một cuộc bạo động của nông dân Công giáo tháng 11 năm 1956).

Tuy nhiên sự thật các cải cách của ông kéo theo các biện pháp áp bức. Ông nắm quyền khi mà ngoài Sài Gòn và các vùng phụ cận, miền Nam Việt Nam được phân chia thành các vùng đất do Việt Minh kiểm soát và lãnh địa các giáo phái "thần quyền" như Cao Đài và Hòa Hảo. Ông chống lại bất đồng chính kiến, và đòi hỏi lòng trung thành tuyệt đối cá nhân với các quan chức hàng đầu. Tài liệu của Mỹ cũng cho biết Ngô Đình Diệm là một người Công giáo bảo thủ. Ngô Đình Diệm lúc đầu đã được chào đón nồng nhiệt trong một số người từng là thành viên Việt Minh. Nhưng chương trình cải cách điền địa của ông thất bại và dừng lại năm 1959.

Trong tháng 6 năm 1956, Ngô Đình Diệm hủy bỏ cuộc bầu cử hội đồng làng, có vẻ như vì lo ngại rằng một số lượng lớn Việt Minh có thể giành chiến thắng, thay vào đó là các quan chức Chính phủ bổ nhiệm, là người miền Bắc, Công giáo hoặc thân cận. Năm 1956, Chính phủ Việt Nam Cộng hòa tiết lộ rằng khoảng 15.000-20.000 người cộng sản đã bị giam giữ trong các "trại tập trung chính trị", trong khi Devillers đưa ra con số 50.000 người.

Tháng ba năm 1958, sau một bài xã luận "ăn da", chính phủ Ngô Đình Diệm đóng cửa các tờ báo lớn nhất ở Sài Gòn. Mùa xuân năm 1960, một nhóm các nhà lãnh đạo dân tộc chủ nghĩa không cộng sản đến với nhau - ban hành Tuyên ngôn Caravelle, một cuộc biểu tình bất bình chống chế độ Ngô Đình Diệm. Chính sách của Ngô Đình Diệm hầu như đảm bảo rằng những thách thức chính trị với ông ta sẽ bị liệt nằm ngoài luật pháp. Cuối cùng, những cuộc nổi dậy từ các lực lượng ở miền Nam Việt Nam như lực lượng vũ trang cộng sản, các giáo phái tôn giáo, và nông dân vũ trang. Đến năm 1958, khoảng 1/3 tỉnh trưởng là sĩ quan quân đội, đến năm 1960, đã tăng lên đến gần 2/3; 1962, 7/8 của tất cả các tỉnh đã được lãnh đạo bởi các sĩ quan. Ông lập luận các mối đe dọa từ những người cộng sản để biện minh cho sự tập trung của mình về an ninh nội bộ.

Người Mỹ cũng nhận thức được sự yếu kém của chính quyền Việt Nam Cộng hòa. Theo nhận định của người Mỹ, Mỹ cũng thấy được sự vỡ mộng "đặc biệt là ở các tầng lớp có học", sự "bất mãn trong các sĩ quan quân đội", "nỗ lực của chế độ bảo đảm an ninh nội bộ khi cho rằng một chính phủ độc tài là cần thiết để xử lý các vấn đề của đất nước sẽ dẫn đến một áp lực liên tục của các yếu tố đối lập tiềm năng", "trong một khoảng thời gian dài, sự tích tụ bất bình giữa các nhóm khác nhau và các cá nhân có thể dẫn đến sự phát triển của phong trào đối kháng quốc gia"... Mỹ thấy cần ủng hộ việc thành lập một chính phủ mới ở miền Nam Việt Nam, không phân biệt thành phần.

Hội đồng an ninh quốc gia của Mỹ đưa ra quan điểm "Hỗ trợ miễn phí Việt Nam để phát triển một chính phủ mạnh mẽ, ổn định, và hiến pháp để cho phép Việt Nam Tự Do, để khẳng định một sự tương phản ngày càng hấp dẫn đối với các điều kiện trong vùng Cộng sản hiện nay". Từ năm tài chính 1946 - năm tài chính 1961, Việt Nam đứng thứ ba bảng xếp hạng nước ngoài NATO được Mỹ hỗ trợ, và trên toàn thế giới xếp thứ bảy. 75% viện trợ kinh tế của Mỹ cung cấp trong cùng thời kỳ đã đi vào ngân sách quân sự của Chính phủ Việt Nam, và nhiều dự án dân sự đã lọt vào chi tiêu phục vụ quân sự. Tuy nhiên can thiệp của Mỹ ngày càng tăng vào chính phủ Việt Nam Cộng hòa dẫn đến việc Tổng thống Ngô Đình Diệm lên tiếng phản đối.

Hoa Kỳ ước tính được khuyết tật do sự phụ thuộc của Chính phủ Việt Nam Cộng hòa vào viện trợ của Hoa Kỳ để đầu tư vào cơ sở hạ tầng, vào các chương trình phát triển kinh tế - xã hội, vào các làng ở nông thôn. Có những bằng chứng tích lũy đủ để khẳng định nông dân oán giận chống lại Ngô Đình Diệm. Khi Kennedy nhậm chức 1960, 90% dân chúng nông thôn "tàn tạ và ốm yếu".

Theo Hoa Kỳ, Tuyên ngôn của Mặt trận tháng 12 năm 1960 đánh vào sự bất mãn này trong dân chúng. Mặt trận Dân tộc Giải phóng dùng khẩu hiệu lăng nhục Ngô Đình Diệm (Mỹ-Diệm) do đó giành lại sự thần bí của chủ nghĩa dân tộc trong Chiến tranh Đông Dương, kết hợp tâm lý bài ngoại tự nhiên của nông thôn Việt Nam. Hoa Kỳ bị xem là đáng khiển trách như một lực lượng hiện đại hóa một xã hội hoàn toàn truyền thống, như kẻ cung cấp vũ khí và tiền bạc cho một chính phủ đáng ghét, như là một người nước ngoài phá hoại hy vọng giải quyết vấn đề thống nhất đất nước bằng Hiệp định Genève, 1954 và nhất là như một kẻ xâm lược muốn biến Việt Nam thành thuộc địa như người Pháp. Còn các quan chức địa phương thì "tham nhũng và tàn bạo" trong khi "Ngô Đình Diệm hứa nông dân nhiều, thực hiện ít".

Trong chương trình di dân từ ven biển lên Tây Nguyên, chỉ có 2% người dân miền Nam Việt Nam, đã hấp thụ 50% viện trợ cho nông nghiệp của Hoa Kỳ, và gây bất bình cho các tộc người Tây Nguyên. Tuy nhiên thất vọng và gây bất bình nhất là các "Ấp Chiến lược". Diệm cũng bị cho là đã sai lầm khi lên án tất cả những người dân tộc chủ nghĩa không ủng hộ Diệm như là công cụ của Bảo Đại hay Pháp.

Chính tất cả những điều này đã kích thích các phong trào đấu tranh hòa bình đòi thống nhất đất nước của dân chúng ở miền Nam. Tuy nhiên, tất cả đều bị chính quyền Việt Nam Cộng hòa đàn áp, nhất là những người Cộng sản và Việt Minh cũ còn ở lại miền Nam, những người mà Tổng thống Ngô Đình Diệm cho là đối thủ tiềm tàng nguy hiểm nhất. Bị đàn áp, những người cộng sản miền Nam cùng với những đồng minh của mình tập hợp và tổ chức ra có một số tổ chức vũ trang, bán vũ trang để chống chính quyền Việt Nam Cộng hòa một cách tự phát. Từ giữa 1957, những người cộng sản miền Nam đã áp dụng chiến thuật du kích phù hợp học thuyết quân sự Mao - Giáp.

Việt Nam Cộng hòa lệ thuộc quá nhiều vào Mỹ. Chính sách kinh tế của họ tuy có một số ưu điểm khuyến khích kinh tế phát triển nhưng hố sâu phân hóa xã hội lớn, cùng với việc chia lại ruộng đất, mà phần lớn đã được chính quyền Việt Minh tại miền Nam chia cho các nông dân nghèo, nay lại tập trung lại cho các địa chủ cũ. Trong khi đó, những người cộng sản đã tham gia đấu tranh giành độc lập, uy tín có được từ thời tiền cách mạng, Cách mạng Tháng Tám và Kháng chiến chống Pháp. Điều này đã hướng nhiều người dân tin tưởng vào người cộng sản.

Ngoài ra thì sự phân chia đất nước khiến cho nhiều gia đình phân ly, những người có tinh thần dân tộc cũng bất bình. Do vậy, những người cách mạng ở miền Nam đã ủng hộ cho giải pháp khởi nghĩa giành chính quyền. Sau khi Hội nghị Trung ương 15 của Đảng Lao động tháng 1 năm 1959 tán thành khởi nghĩa ở miền Nam, phong trào cách mạng có biến chuyển. Việt Nam Dân chủ Cộng hòa không muốn can thiệp trực tiếp vào tình hình miền Nam, trong khi vấn đề cấp bách là cần có một lực lượng có chính sách độc lập chống Mỹ và Việt Nam Cộng hòa. Từ nhu cầu đó Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam được thành lập.